L'alignement des s quences est utile pour d couvrir des informations fonctionnelles, structurelles et volutives dans les s quences biologiques. Il est important d'obtenir le meilleur alignement possible ou appel alignement optimal pour d couvrir ces informations. De plus, si deux s quences provenant d'organismes diff rents sont similaires, elles peuvent avoir t une s quence d'anc tre commun et les s quences sont d finies comme tant homologues.Une fois que le MSA a t trouv , le nombre de types de changements dans les r sidus de la s quence align e peut tre utilis pour une analyse phylog n tique.Dans certains cas, la position est si importante pour la fonction que les changements mutationnels ne sont pas observ s.
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