Erkennung von Orthologen und Paralogen anhand eines phylogentischen Baums [German]

By Sukhdeep Kaur and Manpreet Singh Malhi

Orthologie und Paralogie sind zentrale Begriffe in der Evolutionsbiologie. Die Vorhersage von Orthologen (homologe Gene, die sich durch Speziation auseinanderentwickelt haben) und Paralogen (homologe Gene, die sich durch Duplikation auseinanderentwickelt haben) ist ein wesentlicher Bestandteil vieler Methoden der vergleichenden Genomik. Es gibt eine Reihe von Methoden, die zur Ableitung von Orthologie und Paralogie verwendet werden. Orthologe und Paraloge k nnen mit graphbasierten und phylogenetischen Methoden abgeleitet werden. Die auf phylogenetischen Analysen basierende Methode hnelt jedoch sehr stark der urspr nglichen Definition von Orthologie und Paralogie und ist bekannterma en genau. In der vorliegenden Arbeit wird eine Pipeline zur Erkennung von Orthologen und Paralogen auf der Grundlage des phylogentischen Ansatzes entwickelt. Eine Reihe von Proteinen wurde von UniProt heruntergeladen und eine Datenbank wurde entwickelt. F r die abgefragte Proteinsequenz wurden Orthologe und Paraloge ermittelt. Der Algorithmus zur berlappung der Arten und der Schwellenwert f r den paarweisen patristischen Abstand wurden verwendet, um eine genaue und angepasste Vorhersage der Paraloge und Orthologe zu ermitteln. F r eine einfache Nutzung wurde eine benutzerfreundliche Schnittstelle entwickelt.

• Format: Paperback
• Language: German
• ISBN: 6208405807
• ISBN13: 9786208405809
• Release Date: December 2024
• Publisher: Verlag Unser Wissen
• Length: 64 Pages
• Weight: 0.23 lbs.
• Dimensions: 0.1" x 6.0" x 9.0"