Computergestützte Ansätze für die Transkriptom-Krebsanalyse durch RNA-Seq [German]

By Yuxiang Tan

RNA-Seq bietet eine ideale Plattform, um den vollst ndigen Satz von Transkripten f r eine bestimmte Entwicklungsstufe oder einen bestimmten physiologischen Zustand zu untersuchen. Sie zeigt nicht nur Ver nderungen auf der Expressionsebene, sondern auch strukturelle Ver nderungen in den kodierenden Sequenzen, einschlie lich Genumlagerungen. In dieser Dissertation stelle ich meine Beitr ge zur Entwicklung von Rechenwerkzeugen f r die robuste und effiziente Analyse von RNA-Seq-Daten zur Unterst tzung der Krebsforschung vor. Um das m hsame und rechenintensive Verfahren der RNA-Seq-Datenverwaltung zu automatisieren, arbeitete ich an der Entwicklung von Hydra, einer RNA-Seq-Pipeline f r die parallele Verarbeitung und Qualit tskontrolle einer gro en Anzahl von Proben. Anschlie end stelle ich QueryFuse vor, einen neuartigen genspezifischen Fusionserkennungsalgorithmus f r ausgerichtete RNA-Seq-Daten. Er soll Biologen dabei helfen, interessante Fusionen schnell zu finden und/oder rechnerisch zu validieren und die erkannten Ereignisse mit Visualisierung und detaillierten Eigenschaften der unterst tzenden Lesevorg nge zu versehen. Schlie lich habe ich zur Identifizierung eines neuartigen Fusionsereignisses bei Lymphomen beigetragen, das potenzielle therapeutische Auswirkungen auf klinische Proben hat. Ich habe diese Fusion in silico und durch experimentelle Validierung validiert.

• Format: Paperback
• Language: German
• ISBN: 6208502152
• ISBN13: 9786208502157
• Release Date: December 2024
• Publisher: Verlag Unser Wissen
• Length: 80 Pages
• Weight: 0.28 lbs.
• Dimensions: 0.2" x 6.0" x 9.0"