La superficie terrestre non uniforme: le condizioni non sono le stesse in luoghi diversi. Lo stesso vale per la distribuzione di animali e piante sulla crosta terrestre. La biogeografia non studia solo la distribuzione delle specie, ma anche quella degli ecosistemi e dei biomi. Per questa scienza importante definire aree relativamente omogenee, caratterizzate da una determinata biota. Queste aree, pi o meno idealizzate, possono essere rappresentate con il metodo cartografico. D'altra parte, lo studio geografico della distribuzione della biota deve tenere conto delle diverse scale, poich le dimensioni dell'oggetto di studio variano.La biogeografia una disciplina scientifica che non solo indaga la distribuzione degli esseri viventi sul pianeta, ma comprende anche lo studio dei processi che hanno dato origine a tale biota, che la modificano e che possono metterla in pericolo. In altre parole, la geografia della biosfera. Si tratta di una scienza interdisciplinare, che al tempo stesso una branca della geografia e della biologia, traendo i propri fondamenti da discipline quali la botanica, la zoologia, l'ecologia o la biologia evolutiva.
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