Alignements locaux par programmation linéaire en nombres entiers [French]

By Collet-G and Guillaume Collet

D tecter des similarit s et des homologies entre prot ines est une tape cruciale du processus d'annotation des g nomes. Afin de d tecter des homologies, les alignements de s quences, globaux ou locaux, sont couramment utilis s. N anmoins, dans la "zone d'ombre", nous devons utiliser les m thodes de reconnaissance de repliements. Dans ce domaine, le probl me du "Protein Threading" (PTP) utilise des param tres pair s pour aligner globalement une s quence de prot ine avec une structure de prot ine. notre connaissance, il n'existe pas de m thode d'alignement local utilisant des param tres pair s. partir du PTP, nous proposons cinq mod lisations math matiques de ces alignements locaux qui ont t impl ment es et test es gr ce au logiciel CPLEX 10.0. Nous avons ensuite d velopp un algorithme d di permettant de r soudre un de ces mod les. Cet algorithme utilise des techniques connues en recherche op rationnelle: la s paration- valuation, la descente de sous-gradient et la relaxation lagrangienne. Bien que les alignements locaux soient d'une plus grande complexit , nous montrons qu'ils sont r alisables et qu'ils am liorent la qualit des alignements.

• Format: Paperback
• Language: French
• ISBN: 6131532478
• ISBN13: 9786131532474
• Release Date: September 2010
• Publisher: Univ Europeenne
• Length: 108 Pages
• Weight: 0.37 lbs.
• Dimensions: 0.3" x 6.0" x 9.0"