ה'חפץ חיים' הותיר את מורשתו על הדורות הבאים אחריו, בעיקר באמצעות ספריו הרבים שחיבר ופעילותו העצומה למען עם ישראל. מפעלו הציבורי הראשון היה בתחום שמירת הלשון, לשם כך חיבר את ספריו "חפץ חיים" ו"שמירת הלשון". נודע כמי שיישם בעצמו הלכות אלו ונזהר מאוד מכל לשון הרע. הדגיש באופן כללי את חשיבות המצוות שבין אדם לחברו, ולשם כך כתב את ספרו "אהבת חסד" וספרים נוספים.ספרו החשוב והנפוץ ביותר הוא ה"משנה ברורה", שהוציא בשישה כרכים. זהו חיבור הלכתי על סדר "אורח חיים" של ה"שולחן ערוך", שמסכם את חידושי ההלכה בספרים שהתחברו אחרי השולחן ערוך, ובמידת הצורך מכריע במחלוקות ביניהם, על פי סוגיות התלמוד וכתבי הראשונים. עם השנים הפך הספר לקודקס ההלכתי החשוב ביותר של הציבור האשכנזי, ובעל השפעה רבה גם על עדות המזרחהחפץ חיים סירב בתוקף לשמוע להצעותיהם של אחיו, כיוון שחחפץ לשמור על שלום הבית בין אמו לבין אביו החורג. לאחר שנים, סיפר לבנו את הסיפור, ואמר "לולי העיירה הקטנה הזו ולולי מעשי אמך, מי יודע אם הגעתי לתורה, ולא נסחפתי בטרדות החיים כשאר בני גילי". בנו, מחבר הספר "קיצור תולדות החפץ חיים", מספר על אמו הצדקנית "היתה טובת לב ל&