A polui??o afecta a qualidade da ?gua em lagos e outros recursos de ?gua doce em todo o mundo. Pode assumir muitas formas, provenientes de fontes industriais, agr?colas ou municipais; alguns exemplos comuns incluem pesticidas, herbicidas, esgotos e lixo. Os lagos cont?m frequentemente elevados n?veis de polui??o relativamente ?s paisagens e ao ambiente circundantes. Os rios e ribeiros drenam os poluentes da paisagem, que se concentram nos lagos e noutras massas de ?gua. As esp?cies aqu?ticas, como os peixes, podem ter um teor de contaminantes extremamente elevado, uma vez que alguns poluentes n?o se dissolvem nem se diluem facilmente na ?gua, sendo absorvidos pelos organismos. Algumas esp?cies de organismos aqu?ticos s?o particularmente sens?veis ? polui??o; s?o utilizadas como indicadores de polui??o e designadas por bioindicadores. Como os lagos drenam uma grande paisagem circundante, reflectem os processos e ac??es que operam ? sua volta. Quando s?o derramados produtos qu?micos, estes podem escoar para cursos de ?gua pr?ximos e ser transportados para os lagos a jusante.
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